การไปสระมรกตนักท่องเที่ยวสามารถเลือกเส้นทางเดินเท้าได้ 2 เส้นทางคือ ทางแรกเป็นเส้นทางศึกษาธรรมชาติที่มีสะพานไม้ทอดตัวไปตามแนวป่าอันร่มรื่น สามารถเดินได้สะดวกและมีระยะทางประมาณ 1.4 ก.ม. ซึ่งตลอดสองข้างทางนั้น จะมีป้ายบอกข้อมูลน่ารู้เกี่ยวกับพรรณไม้ต่างๆ เป็นระยะๆ นอกจากนี้ยังเป็นแหล่งศึกษาดูนกธรรมชาติหายาก เช่น นกกระเต็นสร้อยคำสีน้ำตาล นกเงือกดำ และยังเป็นสถานที่ที่พบนกแต้วแร้วท้องดำ ซึ่งเคยสูญพันธ์ไปนานเกือบ 100 ปีอีกด้วย สำหรับเส้นทางที่สองจะเป็นทางลูกรัง ที่มีระยะทางเดินประมาณ 800 เมตรก็จะถึงสระมรกตได้เช่นกัน สำหรับจุดที่น่าสนใจจุดแรกซึ่งอยู่ระหว่างเส้นทางศึกษาธรรมชาติที่เราอยากแนะนำให้ได้รู้จักกันก็คือ “สระแก้ว” ซึ่งเป็นสระน้ำขนาดใหญ่ ที่มีน้ำใสจนสามารถมองเห็นปลาเล็กปลาน้อยที่แหวกว่ายอยู่ในสระได้อย่างชัดเจน แต่สระแก้วแห่งนี้ทางเขตรักษาพันธุ์สัตว์ป่าฯ ไม่อนุญาตให้นักท่องเที่ยวลงเล่นน้ำแต่อย่างใด เนื่องจากต้องการอนุรักษ์สภาพแวดล้อมและรักษาพันธุ์สัตว์น้ำที่อาศัยอยู่ ณ บริเวณนั้นเอาไว้ ให้คงอยู่ในสภาพเดิมนั่นเอง